RAPTOR

وصف

RAPTOR هو برنامج مبتكر مصمم للتنبؤ الدقيق ببنية البروتين. فهو يجمع بين أدوات التحليل المتقدمة في حل برمجي واحد متكامل ويوفر ثلاث طرق مختلفة للترابط. يعتبر نهج تحسين برمجة الأعداد الصحيحة الفريد من RAPTOR أكثر فاعلية للعثور على قوالب هيكلية للأهداف ذات تجانس تسلسل منخفض وقادر على إنشاء نماذج عالية الجودة. تعد الواجهة سهلة الاستخدام وقيم E سهلة الفهم مثالية للمبتدئين والخبراء. وفوق كل شيء ، فإن العرض البديهي للمخرجات يمكّن المستخدمين من فهم النتائج بمجرد لمحة. بالنظر إلى تسلسل البروتين المستهدف ، إذا كان هناك بروتين متماثل له بنية ثلاثية الأبعاد معروفة ، فيمكن العثور عليه باستخدام أدوات البحث المتسلسل مثل PSI-BLAST ، المتوفرة أيضًا في RAPTOR. ثم يتم بناء هيكل الهدف من الهيكل المعروف ؛ ومع ذلك ، عندما لا يكون تجانس التسلسل مهمًا ، أي أقل من 25٪ ، لا يمكن أن يأتي PSI-BLAST بضربة واثقة. على عكس PSI-BLAST ، الذي يقوم ببساطة بالبحث في التسلسل ، فإن خيوط البروتين ، والتعرف على الطيات ، يستخدم كل من معلومات التماثل والهيكل. يقوم بمسح تسلسل البروتين بهيكل غير معروف مقابل قاعدة بيانات الهياكل المعروفة. باستخدام وظيفة تسجيل النقاط وإجراء تحليل التوافق بين الهياكل ثلاثية الأبعاد وتسلسلات البروتين الخطي ، سيتم تحديد أفضل قالب هيكلي يمكن من خلاله بناء بنية التسلسل. نتيجة لذلك ، يعطي خيوط البروتين تنبؤًا أفضل من نمذجة التماثل عندما يكون هناك تماثل تسلسل هامشي.